攻撃型潜水艦は敵水上艦船だけでなく敵潜水艦も攻撃目標とするようになった。隠密性の高い潜水艦を探知し攻撃するのはやはり潜水艦が有利だからである。そこで敵の戦略ミサイル潜水艦を攻撃する任務や、自国の艦隊を敵の攻撃型潜水艦から護衛する任務を与えられている。
また、冷戦終結後はソ連海軍の脅威が低くなったため、米海軍の攻撃型原子力潜水艦は戦略ミサイル原子力潜水艦の任務に多様化と同様に、従来の潜水艦の攻撃及び護衛の任務に加えて、巡航ミサイルを用いての対地攻撃や、敵対国の沿岸に侵入しての偵察と情報収集活動や、特殊部隊の投入と回収の任務などを行なうようになった。
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映画・シミュレーションゲームでは潜水艦同士の戦闘がよく描かれるが、ホーミング魚雷の実用化以前の潜水艦同士の戦闘は、お互いに水中を三次元的に移動するので攻撃は困難であり、また現代では潜水艦を保有する国同士の本格的な戦闘例が少ないため実現されていない。数少ない例としては、1945年2月に、ノルウェーのベルゲン沖で英潜水艦ヴェンチャラーが、潜望鏡深度を航行中の独潜水艦U-864をソナーで探知、数度シュノーケルを潜望鏡で目視したのちソナーで追撃し雷撃撃沈した例がある。しかし、実質水上艦艇に対する雷撃と変らないため、潜行中の潜水艦同士の戦闘とは言いがたい。
戦略潜水艦（戦略型潜水艦）は、戦略用核ミサイルや巡航ミサイルなどを主兵装とし、遠距離の軍事基地、水上艦隊、敵都市などへの戦略目標攻撃を主任務とする潜水艦である。これには弾道ミサイル潜水艦と巡航ミサイル潜水艦がある。